生物顯微鏡與金相顯微鏡的區(qū)別主要是在照明方式與物鏡上面：
1、生物顯微鏡用的是透射照明，一般用來觀察透時(shí)和半透明的樣本，不能用來觀察不透明物體，而金相顯微鏡主要是落射照明方式，光源從物鏡射出，主要用于觀察不透明樣本的表面，當(dāng)然也有附帶透射照明裝置的較金相顯微鏡，可同時(shí)用于觀察透明樣本。
2、從物鏡來看，生物顯微鏡的高倍物鏡都有考慮蓋玻片厚度（0.17）和載玻片、培養(yǎng)器皿厚度（1.2），所以其物鏡是通常標(biāo)有/0.17（正置顯微鏡）、/1.2（倒置顯微鏡），正置生物顯微鏡10倍以下物鏡則是/-，也就是可以不考慮，這是為了校正玻璃對(duì)于光折射的影響，而金相顯微鏡的物鏡通常標(biāo)有/0。
生物顯微鏡與體視顯微鏡及金相顯微鏡的區(qū)別體視顯微鏡也叫做立體顯微鏡，與生物顯微鏡主要區(qū)別如下：
一、體視顯微鏡的工作距離較大，通?？梢赃_(dá)到50mm甚至150mm；而生物顯微鏡的檢測物體的工作距離范圍很少超過20mm。
二、體視顯微鏡可以放置較高，較厚的物體，如集成電路塊，較大的工件，螺絲，較厚的物體等等，而生物顯微鏡只能放置薄片，載玻片等等。
三、體視顯微鏡景深范圍較大，可達(dá)達(dá)到10mm的景深范圍，調(diào)節(jié)聚焦環(huán)，相當(dāng)大的范圍可以看見清晰的圖像；而生物顯微鏡可能稍微轉(zhuǎn)動(dòng)調(diào)焦環(huán)，就看不清楚了。
四、體視顯微鏡可以看見立體的圖像，因?yàn)榫吧罘秶^寬的緣故。但是放大倍數(shù)較小，一般立體顯微鏡大倍數(shù)大做到200倍左右；而生物顯微鏡的大放大倍數(shù)一般做到2000倍左右，生物顯微鏡的特性參數(shù)正好與體視顯微鏡相反。所以說，體視顯微鏡和生物顯微鏡的適應(yīng)范圍是不相同的，鏡頭的結(jié)構(gòu)也有所區(qū)別。
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